La estructura organizacional-funcional del ILANUD está conformada por:

  1. Un Consejo Asesor Internacional que funciona como vínculo entre la Comisión de las Naciones Unidas para la Prevención del Delito y Justicia Penal, y los países de América Latina y el Caribe. Está conformado por la Dirección de la División de Tratados de UNODC, el Director Emérito y el Director en ejercicio del ILANUD, los Ministros de Justicia y Procuradores Generales de los gobiernos que actualmente tienen representantes regionales ante la Comisión; al mes de abril de 2007 los países son: Argentina, Bolivia, Brasil, Costa Rica, Ecuador, Jamaica, México y Perú. Adicionalmente integran el Consejo diez reconocidos expertos internacionales especialistas en materias relacionadas con los ámbitos de acción del Instituto.

  2. Una Dirección compuesta por un director, un asesor en cooperación internacional y otro en gestión administrativa.

  3. Una estructura de programas y proyectos y un centro de documentación (CEDO) en línea especializado.

  4. Un equipo de consultores y expertos en su sede y una red regional de expertos y consultores encargados de prestar asistencia técnica especializada para la formulación, ejecución y evaluación de proyectos en su esfera de acción